Потому что это был конец фильма, и требовалось сделать хэппи-энд. Зачем искать логику, если её изначально нет. Ну то есть для интереса-то можно конечно много вариантов придумать. Например:

"почему Омега вместе с Крузом в конце не перезагрузилась?" - потому что по условию задачи перезагрузка наступает когда отбрасывает коньки альфа, а омега взорвалась первой.
"почему он существенно раньше в последний раз оказался перезагружен?" - потому что в первый раз на него попало совсем чуть-чуть альфы, а во второй раз от души.

Я неправильно сказал. Вопрос был "почему омега не вернулась в прошлое". А очень просто. Омега была контрамотом и жила из будущего в прошлое. Поэтому когда её убили, она перестала существовать сразу во всём прошлом, и без неё всех пришельцев легко победили. Зато через несколько дней после хэппи-энда она ВНЕЗАПНО появится опять.